«Умное» онлайн приложение может помочь лучше диагностировать рак

rakУченые разработали онлайн инструмент, который может помочь врачам лучше дифференцировать дефекты в отдельных опухолевых клетках, которые могут казаться одинаковыми. Программное обеспечение, которое находится в свободном доступе, как ожидается, поможет ученым точнее определять природу рака и других заболеваний и улучшить их лечение.

Похожие клетки, особенно раковые клетки, часто имеют различные генетические мутации и, следовательно, детальное знание этих мутаций, которые называются изменением количества копий (copy number variations — CNVs), в отдельных клетках может указать на конкретную схему лечения.

«Вы можете думать, что каждая клетка опухоли одинаковая, но на самом деле это не так», сказал Michael Schatz, доцент из Лаборатории Колд Спринг Харбор (Cold Spring Harbor Laboratory — CSHL) в Нью-Йорке, США.

«Мы понимаем, что может быть много изменений даже внутри одной опухоли», отметил Schatz.

«Если вы собираетесь лечить рак, то сначала нужно узнать, какой подкласс рака у пациента», пояснил Schatz.

«Новая интерактивная онлайн программа под названием Gingko снижает неопределенность одноклеточного анализа и обеспечивает простоту визуализации закономерности числа мутаций во всей популяции клеток», говорится в исследовании.

Одна мощная одноклеточная аналитическая методика для изучения CNV является секвенированием целого генома. Задача состоит в том, что прежде чем делать секвенирование, ДНК клетки должны быть увеличены во много раз.

Этот процесс изобилует ошибками, причем некоторые произвольные куски ДНК после увеличения могут быть большее, чем другие. Поскольку многие лаборатории используют собственное программное обеспечение для изучения CNV, поэтому практически нет согласованности в том, как исследователи анализируют результаты исследований.

Для решения этих двух задач Schatz и его коллеги создали Gingko.

Интерактивная веб-программа автоматически обрабатывает последовательность данных, сопоставляет эти последовательности с эталоном генома, и создает CNV профили для каждой клетки, которые затем могут быть просмотрены с помощью графического интерфейса.

Программное обеспечение было описано в журнале «Nature Methods».